Сюжет берёт начало с того момента Чистого неба, когда Стрелок смог оторваться от Шрама, двигаясь через Выжигатель. Он связывается с Доктором, который в это время поджидал его у заветного места, чтобы обсудить и реализовать дальнейший план похода. Мы снова пройдём через Припять, неизведанные части станции, увидим пугающие и страшные явления Зоны, испытаем экшн, хардкор и в то же время отчуждённость и одиночество. Своего рода предыстория заканчивается на том же моменте, что и в прошлой части, а дальше...